Город: Санкт-Петербург Новосибирск Казань Язык: Русский English

О попарных расстояниях и проблеме медианы в биоинформатике (Сергей Аганезов, ИТМО/Computer Science центр)
Computer Science семинар


Что: Лекция
Когда: Воскресенье, 18 ноября 2012, 15:35–17:10
Где: ПОМИ РАН

Описание

В докладе будут рассмотрены комбинаторные задачи биоинформатики, решение которых важно для понимая эволюционного процесса развития. Мы проанализируем связь попарного генетического расстояния и проблемы медианы трех геномов с использованием метрики DCJ. Мы также продемонстрируем особый тип эволюционных изменений, называемый сильной генетической перестановкой, использование которых при анализе может ускорить работу программ, которые занимаются поиском медианных геномов. Будет показана не столь сильная, как раньше предполагалось, зависимость между попарными расстояниями и проблемой медианы, а также доказана невозможность представления верхней границы значения медианы, как суммы нижней границы и какой-либо константы. Доклад по материалам статьи Sergey Aganezov, Jr. and Max A. Alekseyev On pairwise distances and median score of three genomes under DCJ. Proceedings of the 10th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG), 2012.

Видео