Современные проекты по секвенированию геномов множества различных организмов дали толчок новым исследованиям в области сравнительного анализа геномов по разработке эффективных алгоритмов для получения важной информации о генетических и филогеномных вариациях. Одними из наиболее драматических эволюционных изменений в геномах являются перестройки геномов, перемешивающие генетический материал, и поэтому очень важно понимать их механизм и уметь восстанавливать последовательность таких эволюционных событий (т.н. эволюционную историю) между интересующими геномами. В этом обзорном докладе я опишу несколько наиболее спорных и жарко обсуждаемых вопросов в эволюционной биологии (модели эволюции хромосом, филогеномика млекопитающих, предсказание будущих перестроек генома человека) и сформулирую соответствующие им комбинаторные проблемы (анализ перестроек и точек излома геномов, реконструирование геномов предков). Я также расскажу о новых теоретических и алгоритмических результатах (2009-2011 годов) в решении этих проблем и их биологической интерпретации.